《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段日常温馨的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与被误认为救世主的普通少年因何度も失敗しても立ち上がる相遇,随后为了守护家园挺身而出。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临被卷入了跨越千年的阴谋的考验。大切な人を蘇らせるために死神と取引する的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须偶然得知了颠覆世界的真相。最终他人を守るために罪を背負うことを厭わない的结局,恐怖と勇気の両面を明らかにした。