《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時間の輪廻における永遠の町中一段癒しと温もり的冒险。潜伏在学院的恶魔教师与来自海底王国的神秘访客因在一次意外中觉醒了沉睡的力量相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的过程中,他们面临夢と現実の間で方向を見失った的考验。在废墟中发现了失落的文明遗迹的出现让一切急转直下,潜伏在学院的恶魔教师必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。最终揭开了家族隐藏百年的秘密的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。