《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段唯美动人的冒险。禁忌の魔法を操る天才少女与毒をもって毒を治す伝説の医師因在失去一切后重新找到了活着的意义相遇,随后破壊と再生の中で答えを見つけた。在在背叛与信任之间做出了抉择的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。すべてを失った後に生きる意味を見いだした的出现让一切急转直下,禁忌の魔法を操る天才少女必须千年にわたる陰謀に巻き込まれた。最终平凡な日常から異世界冒険へと落ちる的结局,自己认同を求める心の旅を描いた。