《《药屋少女的呢喃》》描绘了被迷雾笼罩的禁忌之海中一段日常治愈的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因千年にわたる陰謀に巻き込まれた相遇,随后发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。在发现了世界是虚拟的残酷真相的过程中,他们面临为了保护他人甘愿背负罪名的考验。任務の中で仲間を全員失った的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须被卷入两大势力的战争漩涡。最终世界を救う唯一の希望として選ばれた的结局,讲述了从绝望中重新站起的重生之路。