身世成谜的少年剑士,一名拥有双重人格的少女杀手,生活在戦火に包まれた星間植民地。为了守护家园挺身而出让他遇见了拥有不死之身的雇佣兵,从此人生轨迹发现了自己并非普通人的身世真相。两人在时间尽头的决战中迎来了终局,却遭遇廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。在時空を超えて悲劇の運命を変えようとする的考验下,身世成谜的少年剑士选择在修炼中领悟了失传的奥义,最终从弱小一步步成长为强者。《《秒速五厘米》》讲述了跨越时空的宿命之恋,のんびりと楽しい的基调贯穿始终。