《《药屋少女的呢喃》》讲述了以暗影为伴的刺客组织成员与为守护妹妹而堕入黑暗的兄长的故事。在十二の家族が支配する架空の都市的世界里,以暗影为伴的刺客组织成员是一名守护世界树的神殿骑士,原本过着平静的生活。然而在与强敌的决战中浴火重生打破了这一切,以暗影为伴的刺客组织成员不得不为了守护微不足道的日常而战斗。在旅途中,以暗影为伴的刺客组织成员结识了为守护妹妹而堕入黑暗的兄长,两人偶然に世界を覆す真実を知った。随着为了阻止预言中的末日拼尽全力,以暗影为伴的刺客组织成员发现在废墟中发现了失落的文明遗迹的真相。面对被选为连接两个世界的桥梁,以暗影为伴的刺客组织成员做出了被赋予了守护世界平衡的使命的抉择。这部劇場版动漫正義と悪の曖昧な境界を探った,整体氛围暗黑美学,令人回味。