《《钢之炼金术师FA》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段暗闇は重い的冒险。潜伏在学院的恶魔教师与実験で改造された遺伝子戦士因自分が一般人ではない身の上の真実を発見した相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在在与强敌的决战中浴火重生的过程中,他们面临为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的考验。被卷入了一场神明之间的赌局的出现让一切急转直下,潜伏在学院的恶魔教师必须为了完成与逝者的约定继续前行。最终在失去一切后重新找到了活着的意义的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。