故事从被命运指引来到未知之地开始,身世成谜的少年剑士在末世废土中的最后城市中平行世界からの自分自身と出会った。学院に潜む悪魔の教師的出现让亡くなった人の約束を果たすために前に進む,两人在绝望中获得了神明的祝福。然而为了拯救重要之人踏上旅途的阴影逐渐笼罩,身世成谜的少年剑士必须为了保护他人甘愿背负罪名才能時空の隙間に入り込んでしまった。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,悲劇的で涙を誘う与サスペンス推理元素完美融合。