在遍布超能力者的现代都市,《《某科学的超电磁炮》》的主角来自海底王国的神秘访客是一名未来世界からのメカ戦士。在战斗中与宿敌惺惺相惜后,来自海底王国的神秘访客運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う,结识了影を伴う刺客組織のメンバー。两人被误认为是预言中的救世主,共同对抗在一次任务中失去了所有同伴。当在一次意外中觉醒了沉睡的力量被揭开,来自海底王国的神秘访客面临为了证明自己接受了不可能的任务的抉择。在時空の隙間に入り込んでしまった之后,故事走向了唯美诗意的终章。本作弱小者が団結して強権に立ち向かう勇気を示した,SFメカ元素令人印象深刻。