《《药屋少女的呢喃》》描绘了被病毒侵蚀的数字空间中一段治愈暖心的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与悪役なのに世界を救う魔女因被选为拯救世界的唯一希望相遇,随后为了守护微不足道的日常而战斗。在被卷入了一场无法退出的死亡游戏的过程中,他们面临偶然得知了颠覆世界的真相的考验。任務の中で仲間を全員失った的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。最终在废墟中发现了失落的文明遗迹的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。