《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段治愈暖心的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与为寻找失踪亲人踏上旅途的少女因被误认为是预言中的救世主相遇,随后被卷入了跨越千年的阴谋。在二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的过程中,他们面临为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的考验。宿命の枷を打ち破るために立ち上がる的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须被赋予了守护世界平衡的使命。最终在生死关头突破了自身极限的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。