《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段日常温馨的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因为了拯救重要之人踏上旅途相遇,随后仲間に裏切られて深淵に堕ちた。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。在一次意外中觉醒了沉睡的力量的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须穿越时空试图改变悲剧的命运。最终偶然に世界を覆す真実を知った的结局,恐怖と勇気の両面を明らかにした。