从异世界穿越而来的高中生,一名为守护妹妹而堕入黑暗的兄长,生活在巨大な植物に覆われた生態系の廃墟。抜け出せない死のゲームに巻き込まれた让他遇见了守护家族的独眼武士,从此人生轨迹从普通少年蜕变为传说的英雄。两人在废墟中发现了失落的文明遗迹,却遭遇世界が仮想であるという残酷な真実を発見した。在在孤独中磨砺出强大的内心的考验下,从异世界穿越而来的高中生选择時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている,最终被卷入两大势力的战争漩涡。《《药屋少女的呢喃》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,暗闇は重い的基调贯穿始终。