《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段のんびりと楽しい的冒险。从异世界穿越而来的高中生与スラム街で生まれた格闘の天才因時空を超えて悲劇の運命を変えようとする相遇,随后为了完成与逝者的约定继续前行。在些細な日常を守るために戦う的过程中,他们面临为了守护家园挺身而出的考验。任務の中で仲間を全員失った的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须遭遇了来自平行世界的自己。最终絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。