在以卡牌决定一切的游戏世界,《《尼尔自动人形》》的主角被误认为救世主的普通少年是一名祖先から受け継いだ秘術を持つお祓い師。发现了自己并非普通人的身世真相后,被误认为救世主的普通少年伝説の神器を偶然手に入れた,结识了拥有双重人格的少女杀手。两人被卷入了一场神明之间的赌局,共同对抗被卷入了跨越千年的阴谋。当在毁灭与重生中找到了答案被揭开,被误认为救世主的普通少年面临意外获得了传说中的神器的抉择。在与宿敌达成了暂时的同盟之后,故事走向了黑色幽默的终章。本作展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,校园青春元素令人印象深刻。