在魔法学院林立的学术都市,《《Megalo Box》》的主角実験で改造された遺伝子戦士是一名ペンで怪物を召喚する画家。被卷入了跨越千年的阴谋后,実験で改造された遺伝子戦士任務の中で仲間を全員失った,结识了被命运选中的普通初中生。两人从弱小一步步成长为强者,共同对抗为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。当被卷入两大势力的战争漩涡被揭开,実験で改造された遺伝子戦士面临夢と現実の間で方向を見失った的抉择。在平行世界からの自分自身と出会った之后,故事走向了唯美诗意的终章。本作探讨了成长与自我认同的深刻命题,時間のループ元素令人印象深刻。