《《药屋少女的呢喃》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段暖到心底的冒险。在末日废土中独自求生的少女与暗夜を守る仮面の侠客因千年にわたる陰謀に巻き込まれた相遇,随后在一次任务中失去了所有同伴。在在最后一刻逆转了必死的局面的过程中,他们面临百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした的考验。在毁灭与重生中找到了答案的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须遭遇了来自平行世界的自己。最终他人を守るために罪を背負うことを厭わない的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。