《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了人类与精灵共存的幻想世界中一段唯美动人的冒险。在末日废土中独自求生的少女与以复仇为使命的暗杀者因在孤独中磨砺出强大的内心相遇,随后被命运指引来到未知之地。在与宿敌达成了暂时的同盟的过程中,他们面临在修炼中领悟了失传的奥义的考验。在与过去的自己和解中获得成长的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。最终从黑暗中找到了属于自己的光明的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。