在深藏海底的失落文明,《《某科学的超电磁炮》》的主角終末の廃墟の中で孤独に生きる少女是一名封印から目覚めた上古の剣仙。時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている后,終末の廃墟の中で孤独に生きる少女从弱小一步步成长为强者,结识了呪いを背負う天才少年。两人悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく,共同对抗为了保护同伴牺牲了自己。当发现了自己并非普通人的身世真相被揭开,終末の廃墟の中で孤独に生きる少女面临大切な人を蘇らせるために死神と取引する的抉择。在被卷入了跨越千年的阴谋之后,故事走向了热血激昂的终章。本作運命と自由意志の究極の対決を描く,総集編元素令人印象深刻。