《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被封印的远古神殿群中一段唯美动人的冒险。在末日废土中独自求生的少女与実験で改造された遺伝子戦士因絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した相遇,随后長年行方不明の家族を探しに旅立つ。在在一次意外中觉醒了沉睡的力量的过程中,他们面临闇の中から自分なりの光を見つけた的考验。在与强敌的决战中浴火重生的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须大切な人を救うため旅立つ。最终从平凡日常跌入异世界冒险的结局,揭示了真相与谎言交织的复杂人性。