《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段黑暗沉重的冒险。追寻真相的调查兵团成员与不死身を持つ傭兵因在失去一切后重新找到了活着的意义相遇,随后被卷入了跨越千年的阴谋。在在与强敌的决战中浴火重生的过程中,他们面临在战斗中与宿敌惺惺相惜的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须为了阻止预言中的末日拼尽全力。最终在最后一刻逆转了必死的局面的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。