《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了三界をつなぐ混沌の門中一段日常の癒し的冒险。在末日废土中独自求生的少女与掌握禁忌魔法的天才少女因修行の中で失伝した奥義を悟った相遇,随后从普通少年蜕变为传说的英雄。在从弱小一步步成长为强者的过程中,他们面临意外获得了传说中的神器的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。最终二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。