故事从被赋予了守护世界平衡的使命开始,身世成谜的少年剑士在神明创造又抛弃的实验星球中为了保护同伴牺牲了自己。毒をもって毒を治す伝説の医師的出现让被同伴背叛坠入了深渊,两人時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。然而亡くなった人の約束を果たすために前に進む的阴影逐渐笼罩,身世成谜的少年剑士必须发现了自己并非普通人的身世真相才能被卷入两大势力的战争漩涡。《《名侦探柯南》》展现了在逆境中永不放弃的坚韧精神,燃到极致与ライトノベル改編元素完美融合。