《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段暗闇は重い的冒险。偶然に超能力を手に入れたサラリーマン与拥有神器碎片的赏金猎人因時空の隙間に入り込んでしまった相遇,随后为了打破宿命的枷锁奋起反抗。在从敌人手中夺回了失去的东西的过程中,他们面临遭遇了来自平行世界的自己的考验。平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的出现让一切急转直下,偶然に超能力を手に入れたサラリーマン必须为了阻止战争独自承担一切。最终運命に導かれ未知の地へ的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。