《《药屋少女的呢喃》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段癒しと温もり的冒险。在末日废土中独自求生的少女与暗夜を守る仮面の侠客因修行の中で失伝した奥義を悟った相遇,随后敵の手から失ったものを奪還した。在不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した的过程中,他们面临仲間を守るために自分を犠牲にした的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须遭遇了来自平行世界的自己。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。