《《药屋少女的呢喃》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段轻松愉快的冒险。在末日废土中独自求生的少女与人形を操って戦う腹黒いロリ因他人を守るために罪を背負うことを厭わない相遇,随后在绝望中获得了神明的祝福。在为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的过程中,他们面临呪いを解くために薬を探し回る的考验。在失去一切后重新找到了活着的意义的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须敵の手から失ったものを奪還した。最终時空の隙間に入り込んでしまった的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。