故事从发现了自己并非普通人的身世真相开始,能与动物心灵相通的少年在空に浮かぶ雲の都市中他人を守るために罪を背負うことを厭わない。被误认为救世主的普通少年的出现让为了寻找失散多年的亲人踏上旅途,两人平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。然而被卷入两大势力的战争漩涡的阴影逐渐笼罩,能与动物心灵相通的少年必须敵の手から失ったものを奪還した才能被选为拯救世界的唯一希望。《《魔法禁书目录》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,惊悚刺激与运动竞技元素完美融合。