《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法与科技并存的大陆中一段轻松愉快的冒险。潜伏在学院的恶魔教师与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因被迫参加残酷的生存游戏相遇,随后百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。在日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的过程中,他们面临为了证明自己接受了不可能的任务的考验。運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的出现让一切急转直下,潜伏在学院的恶魔教师必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终被误认为是预言中的救世主的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。