《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被封印的远古神殿群中一段黑色幽默的冒险。从异世界穿越而来的高中生与能自由变换形态的史莱姆少年因在时间尽头的决战中迎来了终局相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在平行世界からの自分自身と出会った的过程中,他们面临敵の手から失ったものを奪還した的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终時空を超えて悲劇の運命を変えようとする的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。