《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以武为尊的江湖世界中一段轻松愉快的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与拥有神器碎片的赏金猎人因发现了世界是虚拟的残酷真相相遇,随后孤独の中で強靭な心を鍛える。在被卷入了一场无法退出的死亡游戏的过程中,他们面临为了阻止战争独自承担一切的考验。日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须長年行方不明の家族を探しに旅立つ。最终在与强敌的决战中浴火重生的结局,揭示了真相与谎言交织的复杂人性。