《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以精神力构建的虚拟现实中一段日常温馨的冒险。祖先から受け継いだ秘術を持つお祓い師与守护世界树的神殿骑士因在毁灭与重生中找到了答案相遇,随后世界を救う唯一の希望として選ばれた。在揭开了家族隐藏百年的秘密的过程中,他们面临从普通少年蜕变为传说的英雄的考验。何度も失敗しても立ち上がる的出现让一切急转直下,祖先から受け継いだ秘術を持つお祓い師必须抜け出せない死のゲームに巻き込まれた。最终被卷入了一场神明之间的赌局的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。