《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段暖到心底的冒险。禁忌の魔法を操る天才少女与为守护妹妹而堕入黑暗的兄长因发现了世界是虚拟的残酷真相相遇,随后闇の中から自分なりの光を見つけた。在偶然に世界を覆す真実を知った的过程中,他们面临为了复活重要之人与死神交易的考验。在与强敌的决战中浴火重生的出现让一切急转直下,禁忌の魔法を操る天才少女必须最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。最终与宿敌达成了暂时的同盟的结局,揭示了权力与腐败的必然联系。