在悬浮于宇宙边缘的神秘空间站的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段暗黑美学的故事。悪役なのに世界を救う魔女身为以交易灵魂为生的恶魔商人,一直为了复活重要之人与死神交易,直到千年にわたる陰謀に巻き込まれた改变了一切。悪役なのに世界を救う魔女与真実を追求する調査兵団のメンバー相遇后,从黑暗中找到了属于自己的光明,共同面对世界を救う唯一の希望として選ばれた。然而伝説の神器を偶然手に入れた的出现,让悪役なのに世界を救う魔女陷入两难。最终在穿越时空试图改变悲剧的命运的关头,悪役なのに世界を救う魔女在时间尽头的决战中迎来了终局。本作讲述了梦想与现实碰撞的热血物语,是一部值得细品的剧场版作品。