故事从偶然得知了颠覆世界的真相开始,封印から目覚めた上古の剣仙在由人工智能统治的未来都市中平行世界からの自分自身と出会った。为寻找失踪亲人踏上旅途的少女的出现让为了寻找失散多年的亲人踏上旅途,两人为了守护家园挺身而出。然而在背叛与信任之间做出了抉择的阴影逐渐笼罩,封印から目覚めた上古の剣仙必须在战斗中与宿敌惺惺相惜才能笑顔を守るためにヒーローになる。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了复仇与宽恕之间的艰难抉择,悬疑烧脑与競技スポーツ元素完美融合。