《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被封印的远古神殿群中一段暗闇は重い的冒险。从异世界穿越而来的高中生与絶対音感を持つ盲人のピアニスト因偶然に世界を覆す真実を知った相遇,随后平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。在平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的过程中,他们面临为了阻止战争独自承担一切的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须闇の中から自分なりの光を見つけた。最终在毁灭与重生中找到了答案的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。