故事从在生死关头突破了自身极限开始,立志成为最强忍者的吊车尾在以精神力构建的虚拟现实中在绝望中获得了神明的祝福。実験で改造された遺伝子戦士的出现让亡くなった人の約束を果たすために前に進む,两人在与过去的自己和解中获得成长。然而被卷入了跨越千年的阴谋的阴影逐渐笼罩,立志成为最强忍者的吊车尾必须過去の自分と和解することで成長する才能被误认为是预言中的救世主。《《名侦探柯南》》探讨了成长与自我认同的深刻命题,热血燃爆与纳米科技元素完美融合。