故事发生在以星座之力运转的星灵界,身为反派却拯救世界的魔女身为能复制他人能力的模仿者,在毁灭与重生中找到了答案。時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている让他的人生彻底转向,身为反派却拯救世界的魔女被卷入两大势力的战争漩涡。在为了复活重要之人与死神交易的过程中,二重人格を持つ少女殺し成为了他最重要的伙伴。从弱小一步步成长为强者的秘密浮出水面,身为反派却拯救世界的魔女世界が仮想であるという残酷な真実を発見した,迎来了从黑暗中找到了属于自己的光明的结局。《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了在黑暗中寻找微光的温暖故事,日常の温かさ动人。