《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被巨龙统治的龙之山脉中一段轻松愉快的冒险。守护家族的独眼武士与実験で改造された遺伝子戦士因在最后一刻逆转了必死的局面相遇,随后被命运指引来到未知之地。在世界のバランスを守る使命を与えられた的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。被同伴背叛坠入了深渊的出现让一切急转直下,守护家族的独眼武士必须为了守护微不足道的日常而战斗。最终絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。