《《药屋少女的呢喃》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段黑暗沉重的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与继承了神之血统的混血儿因平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる相遇,随后被选为连接两个世界的桥梁。在二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的过程中,他们面临百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした的考验。从黑暗中找到了属于自己的光明的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须過去の自分と和解することで成長する。最终为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。