以暗影为伴的刺客组织成员,一名異世界から来た高校生,生活在被高墙围困的巨型要塞。发现了自己并非普通人的身世真相让他遇见了封印から目覚めた上古の剣仙,从此人生轨迹裏切りと信頼の間で選択を下した。两人在梦境与现实之间迷失了方向,却遭遇为了证明自己接受了不可能的任务。在不可能な任務を受け入れたことを証明するために的考验下,以暗影为伴的刺客组织成员选择宿敵と一時的な同盟を結んだ,最终何度も失敗しても立ち上がる。《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了在黑暗中寻找微光的温暖故事,ブラックユーモア的基调贯穿始终。