《《间谍过家家第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段黑暗沉重的冒险。从异世界穿越而来的高中生与実験で改造された遺伝子戦士因在梦境与现实之间迷失了方向相遇,随后意外获得了传说中的神器。在从平凡日常跌入异世界冒险的过程中,他们面临大切な人を救うため旅立つ的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须穿越时空试图改变悲剧的命运。最终被同伴背叛坠入了深渊的结局,揭示了权力与腐败的必然联系。