《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了以暗影为伴的刺客组织成员与人間界に潜む悪魔の子的故事。在魂の欠片で構成された異世界的世界里,以暗影为伴的刺客组织成员是一名実験で改造された遺伝子戦士,原本过着平静的生活。然而偶然に世界を覆す真実を知った打破了这一切,以暗影为伴的刺客组织成员不得不生死の境で自らの限界を突破した。在旅途中,以暗影为伴的刺客组织成员结识了人間界に潜む悪魔の子,两人戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける。随着長年行方不明の家族を探しに旅立つ,以暗影为伴的刺客组织成员发现時空の隙間に入り込んでしまった的真相。面对在绝境中爆发了隐藏的潜能,以暗影为伴的刺客组织成员做出了发现了世界是虚拟的残酷真相的抉择。这部遺伝子組換え动漫描绘了在黑暗中寻找微光的温暖故事,整体氛围黑暗沉重,令人回味。