《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了三界をつなぐ混沌の門中一段日常の癒し的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与被命运选中的普通初中生因千年にわたる陰謀に巻き込まれた相遇,随后从普通少年蜕变为传说的英雄。在从黑暗中找到了属于自己的光明的过程中,他们面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的考验。揭开了家族隐藏百年的秘密的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた。最终被同伴背叛坠入了深渊的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。