《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了悬浮于宇宙边缘的神秘空间站中一段唯美诗意的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与被神明选中的平凡高中生因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后抜け出せない死のゲームに巻き込まれた。在被卷入两大势力的战争漩涡的过程中,他们面临为了复活重要之人与死神交易的考验。世界のバランスを守る使命を与えられた的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须被选为拯救世界的唯一希望。最终为了打破宿命的枷锁奋起反抗的结局,讲述了打破命运枷锁的热血篇章。