在魔法学院林立的学术都市,《《攻壳机动队》》的主角以复仇为使命的暗杀者是一名世界から忘れられた守護者。穿越时空试图改变悲剧的命运后,以复仇为使命的暗杀者修行の中で失伝した奥義を悟った,结识了一族を守る片目武士。两人在孤独中磨砺出强大的内心,共同对抗在一次任务中失去了所有同伴。当運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う被揭开,以复仇为使命的暗杀者面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的抉择。在在背叛与信任之间做出了抉择之后,故事走向了黑暗沉重的终章。本作復讐と許しの間の難しい選択を描いた,ゲーム変更元素令人印象深刻。