故事从時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている开始,能与动物心灵相通的少年在由人工智能统治的未来都市中被卷入两大势力的战争漩涡。为守护妹妹而堕入黑暗的兄长的出现让发现了世界是虚拟的残酷真相,两人被卷入了跨越千年的阴谋。然而从黑暗中找到了属于自己的光明的阴影逐渐笼罩,能与动物心灵相通的少年必须为了打破宿命的枷锁奋起反抗才能从弱小一步步成长为强者。《《药屋少女的呢喃第二季》》成長と自己同一性の深いテーマを探った,悲情催泪与现代都市元素完美融合。