《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了人类与异种族对立的大陆中一段日常治愈的冒险。復讐を使命とする暗殺者与実験で改造された遺伝子戦士因被同伴背叛坠入了深渊相遇,随后被命运指引来到未知之地。在在一次意外中觉醒了沉睡的力量的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的出现让一切急转直下,復讐を使命とする暗殺者必须在绝境中爆发了隐藏的潜能。最终从弱小一步步成长为强者的结局,愛する人と愛される人の双方向の救済を明らかにした。