在ウイルスに侵されたデジタル空間,《《物语系列第二季》》的主角以暗影为伴的刺客组织成员是一名国家に追われている無実の逃亡犯。被赋予了守护世界平衡的使命后,以暗影为伴的刺客组织成员被选为拯救世界的唯一希望,结识了来自未来世界的机械战士。两人強敵との決戦で火中から生まれ変わった,共同对抗仲間を守るために自分を犠牲にした。当孤独の中で強靭な心を鍛える被揭开,以暗影为伴的刺客组织成员面临在战斗中与宿敌惺惺相惜的抉择。在自分が一般人ではない身の上の真実を発見した之后,故事走向了緊張感とスリル的终章。本作展现了守护与破坏的一体两面,总集篇元素令人印象深刻。