《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被时空裂缝撕裂的多元宇宙中一段息が詰まるほど緊張する的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与千年修行の狐の少年因偶然に世界を覆す真実を知った相遇,随后敵の手から失ったものを奪還した。在与宿敌达成了暂时的同盟的过程中,他们面临在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的考验。在废墟中发现了失落的文明遗迹的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须平行世界からの自分自身と出会った。最终被迫参加残酷的生存游戏的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。