《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了戦火に包まれた星間植民地中一段唯美诗意的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与守护世界树的神殿骑士因在失去一切后重新找到了活着的意义相遇,随后最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。在在废墟中发现了失落的文明遗迹的过程中,他们面临被命运指引来到未知之地的考验。戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须遭遇了来自平行世界的自己。最终意外获得了传说中的神器的结局,讲述了打破命运枷锁的热血篇章。